Fold it, un jeu vidéo pour aider la recherche médicale.

Foldit (littéralement « Pliez-la », sous entendant pliez la protéine) est un jeu vidéo expérimental sur le repliement des protéines, développé en collaboration entre le département d'informatique et de biochimie de l'Université de Washington. La version bêta a été publiée en mai 2008. Les joueurs tentent de résoudre un problème que les ordinateurs ne savent pas résoudre.

BUT :

Le processus par lequel les êtres vivants créent la structure primaire des protéines, la biosynthèse des protéines, est assez bien compris. Cependant, déterminer comment la structure primaire d'une protéine se transforme en une structure tridimensionnelle, c'est-à-dire comment la molécule se "plie" est plus difficile. Le processus général est connu, mais la prédiction des structures protéiques est un calcul compliqué. Foldit tente d'utiliser les capacités naturelles du cerveau humain pour résoudre ces problèmes. Les puzzles actuels sont basés sur des protéines qui sont déjà comprises ; c'est en analysant la façon dont les humains abordent ces puzzles que les chercheurs espèrent améliorer les algorithmes employés par les logiciels de pliage des protéines.

RESULTATS :

Bloqués depuis plus de 10 ans par la complexité de la protéase rétrovirale du virus M-PMV (Mason-Pfizer monkey virus), les chercheurs n'arrivaient pas à trouver sa structure tridimensionnelle. Cette structure est essentielle pour identifier des "sites" potentiels que pourraient cibler des protéines-médicament. Ils ont alors décidé de passer par Fold-it et au bout de 3 semaines seulement, la revue Nature Structural & Molecular Biology publie la structure 3D de l'enzyme, citant au passage les "joueurs" ayant participé à sa découverte comme coauteurs. Maintenant les biologistes peuvent commencer à chercher des molécules (protéines) capables d'inhiber cette protéase. Si une telle molécule est trouvée, la reproduction du VIH serait empêchée et l'infection stoppée


Dans le futur Laboratoire commun Sud Garonne, nous pourrions apprendre aux jeunes et moins jeunes à utiliser ce logiciel pour favoriser les progrès de la recherche médicale.

Le Bento Lab, l'analyse d'ADN accessible à tous.

Cet appareil mérite un article à part tellement le projet est passionnant. Il s'agit ni plus ni moins d'un séquenceur d'ADN pour extraire l'ADN d'un échantillon, le répliquer  et le visualiser.

Admettons que vous soyez face à un échantillon de lasagnes et que vous voulez savoir si c'est vraiment du boeuf, il vous suffit de prélever un fragment de viande et de le soumettre au Bento Lab pour savoir si c'est vraiment du boeuf (et pas du cheval).

https://www.bento.bio/

Spectromètre de poche pour analyser notre environnement.

Vous voulez savoir si votre environnement est pollué? Pour le savoir, voici un outil qu'on pourrait retrouver dans le futur labo commun. Vous ne savez pas vous en servir? Ce n'est pas un problème ! Nous pourrions tous apprendre à le fabriquer et à s'en servir grâce au labo commun. Il fait partie des outils pour lesquels on trouve les plans et les instructions pour le fabriquer librement soi même.

https://publiclab.org/wiki/spectrometer

Les outils.

Voici le genre d'appareils et d’objets qu'on trouve dans un laboratoire de biologie, sauf que ceux ci sont open source, cela signifie que tout le monde peut trouver les plans et les instructions pour créer (sans redevance) soi même ces appareils souvent assez onéreux dans le commerce et qui peuvent être un frein pour la recherche.
Ce sont ces outils que l'on pourrait retrouver dans le futur laboratoire commun Sud Garonne.

http://hackteria.org/wiki/Generic_Lab_Equipment

- un microscope
- une microbalance
- une centrifugeuse
- une hotte stérile
- un rack à tubes
- une machine PCR (pour séquencer l'ADN)

etc...

Les parties en blanc sont en bois et les tranches sombres sont dues à une découpeuse laser qu'on utilise souvent dans les Fablabs. La partie électronique est à la portée des utilisateurs d'un Fablab également.

Questions / Réponses.

- Pourquoi?

La biologie et les sciences ne doivent pas être cantonnés aux universités et aux multinationales, la biologie doit être accessible à tous les citoyens pour le bien commun.
Offrir un espace d'études, d'échanges et d’expérimentation à des amateurs, des passionnés et des professionnels de la biologie et de la santé.
Favoriser les progrès de la science et de la biologie en particulier.

- Comment?

En fournissant un espace et les outils nécessaires aux expérimentations. En encadrant les membres par des professionnels pour garantir une sécurité optimale. L'idéal serait de trouver des chercheurs du CNRS, de l'Inserm qui pourrait nous apprendre les bases de la recherche scientifique en biologie, accessibles au plus grand nombre

- Où?

Entre Muret et Carbonne (31) dans un lieu qui reste à définir et à trouver. De préférence un local fourni par une Mairie ou une communauté de communes.

- Quand?

A n'importe quel moment de la semaine hors week end et jours fériés. Pendant le temps libre des adhérents de l'association.

Le projet.

Un Biofablab est un lieu dans lequel est mis a disposition des membres, le matériel nécessaire à des projets autour de la biologie et du vivant.

Ce sont des lieux nouveaux qui ont émergé récemment sous l'impulsion d'amateurs, de  passionnés et de professionnels de la biologie comme au "Biofablab-Artilect" à Toulouse ou "La Paillasse" à Paris 

Voici, par exemple, les projets en cours (Juillet 2016) au "Biofablab-Artilect"

En cours

• [017] Bioluminescence (projet BFL : Diane Trouillet, Olivier Navaud, Frédérique Cauzac , sections architecture, musique, électronique d’Artilect, 2015-2016)
• [011] Système aquaponique (projet BFL : Fabrice Galinier, Benoît Gauthier, Ugo Bagnarosa, Yann P., Pierre Souvestre, 2014-2016)
• [010] Culture de champignons (projet BFL : T.M.H, Ugo Bagnarosa, 2014-2016)
• [016] Fabrication de papier bactérien (Diane Trouillet, 2014-2016)
• [008] Culture in vitro de végétaux (projet BFL : Yann Martinet, Olivier Navaud, 2011-2016)
• [004] Phytotron, l’automatisation en culture in vitro de végétaux (Yann Martinet, 2011-2016)
• [018] Biogaz (Pierre Delrez de Picojoule, 2016)
• [019] Impression 3D de cellules (Karène Boyer, Diane Trouillet, 2016)

Le but de ce blog est de favoriser la création d'un lieu similaire non plus au sein d'une grande ville mais à 30km au Sud de Toulouse, dans la région murétaine.

L'association NF3 France https://nf3france.blogspot.fr/ que j'ai crée récemment (Juin 2016) de lutte contre la schwannomatose, pourrait se charger de la gestion des locaux, de la mise à disposition des outils de recherche en échange d'un 1/4 du temps consacré à des recherches contre la schwannomatose.