Foldit (littéralement « Pliez-la », sous entendant pliez la protéine) est un jeu vidéo expérimental sur le repliement des protéines, développé en collaboration entre le département d'informatique et de biochimie de l'Université de Washington. La version bêta a été publiée en mai 2008. Les joueurs tentent de résoudre un problème que les ordinateurs ne savent pas résoudre.
BUT :
Le processus par lequel les êtres vivants créent la structure primaire des protéines, la biosynthèse des protéines, est assez bien compris. Cependant, déterminer comment la structure primaire d'une protéine se transforme en une structure tridimensionnelle, c'est-à-dire comment la molécule se "plie" est plus difficile. Le processus général est connu, mais la prédiction des structures protéiques est un calcul compliqué. Foldit tente d'utiliser les capacités naturelles du cerveau humain pour résoudre ces problèmes. Les puzzles actuels sont basés sur des protéines qui sont déjà comprises ; c'est en analysant la façon dont les humains abordent ces puzzles que les chercheurs espèrent améliorer les algorithmes employés par les logiciels de pliage des protéines.
RESULTATS :
Bloqués depuis plus de 10 ans par la complexité de la protéase rétrovirale du virus M-PMV (Mason-Pfizer monkey virus), les chercheurs n'arrivaient pas à trouver sa structure tridimensionnelle. Cette structure est essentielle pour identifier des "sites" potentiels que pourraient cibler des protéines-médicament. Ils ont alors décidé de passer par Fold-it et au bout de 3 semaines seulement, la revue Nature Structural & Molecular Biology publie la structure 3D de l'enzyme, citant au passage les "joueurs" ayant participé à sa découverte comme coauteurs. Maintenant les biologistes peuvent commencer à chercher des molécules (protéines) capables d'inhiber cette protéase. Si une telle molécule est trouvée, la reproduction du VIH serait empêchée et l'infection stoppée
Dans le futur Laboratoire commun Sud Garonne, nous pourrions apprendre aux jeunes et moins jeunes à utiliser ce logiciel pour favoriser les progrès de la recherche médicale.